非淋菌性尿道炎30%~50%由沙眼衣原体引起，20%~30%由分解尿素支原体或人型支原体引起，阴道滴虫和人类疱疹病毒也可能引起本病。然而，仍有20%~30%的患者难以确定病原体。欧美一些学者认为，NGU与结膜炎有一定联系，因此把“红眼”视为NGU的第一症候。

1、沙眼衣原体(Chlamydia Trachomatis ，CT)是寄居于人体细胞浆内的微生物，除了能引起众所周知的滤泡性结膜炎、咽炎、关节炎外，还是性病中的一个重要感染源。衣原体的大小介于立克次体的病毒之间，约为300~400nm，具有细胞壁，含染色体组、DNA、RNA和核糖小体，有一般细菌习性，衣原体无运动能力，不能产生ATP，完全依靠宿主细胞提供必须的能量，可用吉姆萨法染色，不能用格兰氏染色。电镜下可观察到三层细胞浆膜，呈有丝分裂繁殖，对抗生素敏感。

用显微免疫荧光试验测定，沙眼衣原体至少15种血清型：A、B、Ba、C4型为沙眼的病原体，D~K8种亚型经多方面实验证明与尿道炎有关，为眼生殖器衣原体。通过性接触首先感染远端尿道，然后向近端扩展。男性生殖道内柱状上皮细胞对沙眼衣原体非常敏感，衣原体为嗜细胞寄生微生物，被宿主易感细胞吞噬后，即在细胞内增殖，形成包涵体，同时引起炎症变化。

2、尿素分解之原体(Ureaplasma Urealyticum，UU)1982年Mcdonald从中段尿中分离出尿素支原体。它是一种极微小的球杆状微生物，大小介于病毒和细菌之间，直径约100~300nm，其菌落直径只有10~30μm,又称为微小支原体。电镜下观察可见其没有细胞膜，只有三层环状带，因而没有固定的形态，可随着环境而变化，除含有一个环状DNA分子和核糖核体外，缺少线粒体、溶酶体和內质网等多种细胞器，常寄生于正常人尿道上皮内，因有尿素酶系统，故在酸性基质中生长最好，且具有分解尿素为氨的功能。

微小支原体的抗原性不是纯一性的，到底有多少亚型现在还不清楚，但目前发现有两种支原体和尿道炎有关，即尿素分解支原体和人性支原体。